Mỗi trò chơi điện tử lưu trữ trên một hộp băng bằng nhựa, SNK đặt tên chính thức là "Software Cartridge". Hộp băng cung cấp mã và dữ liệu trò chơi cho CPU của máy. Một số hộp băng đi kèm một viên pin nhỏ với SRAM, chip bộ nhớ flash hoặc EEPROM, cho phép lưu dữ liệu trò chơi khi tắt máy. Nếu hộp băng hết pin thì dữ liệu lưu sẽ bị mất, tuy nhiên có thể thay pin mới. Để làm điều này, phải tháo hộp băng, mở ra và thay pin cũ, và viên pin phải được hàn vào đúng chỗ. SNK sử dụng pin lithi tròn, phẳng, để lưu thông tin trên hộp băng.

Hộp băng lắp vào khe băng của máy. Nếu hộp băng bị tháo ra trong lúc bật nguồn và Neo Geo Pocket không tự động khởi động lại, trò chơi sẽ bị treo; Neo Geo Pocket bị một số lỗi không mong muốn, chẳng hạn như các hàng số không xuất hiện trên màn hình, âm thanh vẫn ở cùng độ cao với đoạn nhạc phát ra ngay khi lấy băng ra, dữ liệu lưu và phần cứng có thể bị hỏng. Điều này áp dụng cho hầu hết máy chơi trò chơi điện tử sử dụng hộp băng.

Ngay cả các tựa trò chơi độc ​​quyền của Neo Geo Pocket Color như SNK vs. Capcom: Match of the Millennium bị bỏ qua khi ra mắt trên B/W Neo Geo Pocket, trò chơi sẽ không chạy và một hình ảnh trên màn hình thông báo cho người dùng rằng trò chơi chỉ tương thích với Neo Geo Pocket Color, tương tự như bạn chơi một trò chơi độc quyền Game Boy Color trên Game Boy, Game Boy Pocket, Game Boy Light hoặc Super Game Boy.

Tất cả các hộp băng đều sử dụng cùng một thiết kế và nhỏ hơn hộp băng của Game Boy.[2]